Tieteiden talon seinät kätkevät sisäänsä pitkän ajanjakson suomalaista koulutuksen ja tieteen historiaa. Arkkitehti Elsa Arokallion (1892–1982) suunnittelema koulurakennus valmistui kahdessa vaiheessa vuosina 1922 ja 1925. Rakennuttajana toimi opettaja Lisa Hagman (1882–1950), jonka Yksityisluokat-niminen koulu aloitti toimintansa rakennuksessa.

Yli 60 vuoden ajan Kirkkokatu 6:ssa sijaitseva rakennus oli opetuskäytössä, ensin kouluna ja myöhemmin Helsingin yliopiston luentotiloina, kunnes 1990-luvulla rakennus luovutettiin tieteellisten seurojen käyttöön. Nykyään rakennuksessa on sekä tiedetoimijoiden toimistoja että vuokrattavia tiloja.

Tieteiden talon historia kytkeytyy osaksi suomalaisen peruskoulutuksen ja koulurakentamisen historiaa. Opettaja Lisa Hagmanin (1882–1950) perustama Yksityisluokat-koulu oli aloittanut toimintansa muissa tiloissa, mutta siirtyi vuonna 1922 Kirkkokatu 6:n tontilla sijaitsevaan vanhaan puutaloon ja sen piharakennuksiin. 

Tätä ennen tontti ja sen rakennukset olivat olleet asuinkäytössä jo 1800-luvun alkupuolelta lähtien.

Rakennuksen arkkitehti Elsa Arokallio (1892–1982) valmistui arkkitehdiksi Teknillisestä korkeakoulusta vuonna 1919. 

Arokallio teki merkittävän uran itsenäistyneen Suomen tärkeiden rakennustehtävien suunnittelijana, ennen muuta puolustuslaitoksen rakennusten ja koulujen parissa.

Koulurakennus suunniteltiin ja toteutettiin kahdessa vaiheessa. Punatiilinen juhla- ja voimistelusali nousi Kirkkokatu 6:n tontille touko–lokakuussa 1922.

Viisikerroksinen kadunvarsisiipi rakennettiin vanhan puutalon paikalle vuonna 1925. Päärakennuksen peruskivi laskettiin huhtikuussa 1925 ja harjakaisia vietettiin 19.6.1925.

Koulurakennuksen vihkiäisjuhlaa vietettiin 12.10.1925.

Kouluarkkitehtuurissa suosittiin 1920-luvulta 1930-luvulle saakka klassistista tyyliä. Klassiset muodot ja pyrkimys symmetriaan yhdistyivät funktionalismia enteilevään ajatukseen tilojen vaikutuksesta ihmiseen.

Kirkkokatu 6:n katujulkisivussa on pyritty symmetriaan. Kerrosten 1–4 keskiosan ikkunat muodostavat harmonisen ruudukon, joskin jokaisen kerroksen ikkunoiden kehyslistat ovat erilaiset. Alimman kerroksen ikkunoita on korostettu ja niiden yläpuolella on medaljongit. Julkisivu sulautuu hyvin Kruununhaan historialliseen arkkitehtuuriin.

Tilat on suunniteltu valoisiksi ja harmonisiksi. Rakennuksen sisätiloissa valoisaa kokonaisvaikutelmaa on täydennetty pintakäsittelyillä. Esimerkiksi sisäseinät on tehty töpäten kuultaviksi kalkkimaalipinnoiksi. Seinien sävyt vaihtelevat kevyesti siirryttäessä tilasta toiseen.

Erityisen huomionarvoisia tiloja ovat ensimmäisen kerroksen pääaula sekä pääportaikko. Pääaulaa reunustavat pilasterit ja kaariaukot, ja sementtimosaiikkilattian kuviointi toistaa tilan rytmiä. 

Tieteiden talossa on merkittävä kokoelma kuvanveistäjä Emil Cedercreutzin (1879–1949) taidetta. Cedercreutz lukeutui Lisa Hagmanin henkilökohtaisiin ystäviin sekä kuului koulun johtokuntaan ja takasi koulun toimintaa varten otettuja lainoja. Hagmanin ja Cedercreutzin ystävyyden kerrotaan alkaneen, kun hevosaiheistaan tunnettu taiteilija oli saanut pitää hevosiaan Hagmanin Kruununhaassa omistamassa tallissa. 

Koulun reliefikoristelu syntyi johtajaopettajan ja kuvanveistäjän läheisen yhteistyön tuloksena, ja reliefit sijoitettiin taloon ilman yhteistyötä talon arkkitehdin kanssa. Teokset eivät siis kuuluneet Arokallion arkkitehtoniseen suunnitelmaan. 

Reliefit tuovat talon interiööriin historiallista syvyyttä ja taiteellista arvoa, vaikka ne poikkeavatkin alkuperäisestä klassisistisesta tyylistä.

Cedercreutzin teosten aihepiiri ”koti, uskonto ja isänmaa” tulee vahvasti esille – aiheet vaihtelevat luonnon ja eläinten kuvauksesta työn, kodin ja isänmaan kuvauksiin sekä uskonnollisiin aiheisiin. Useammassa teoksessa käsitellään elämän eri vaiheita ja niiden symboliikkaa.

Suuri osa teoksista on käsitelty pronssipatinoimalla, ja ne on tehty kiinteäksi osaksi seinää. Valtaosa taiteilijan rakennukseen sijoittamista reliefeistä on edelleen alkuperäisillä paikoillaan.

Lisa Hagmanin Yksityisluokat joutuivat haastavaan tilanteeseen 1920-luvun lopulla, kun alkanut lama ja rakennushankkeen velat alkoivat rasittaa koulun taloutta. Yksityiskoulujen valtionavustusten supistuttua vuonna 1932 koulun toiminnasta kertyneet tulot eivät enää riittäneet kattamaan menoja. Edessä oli konkurssi ja koulu siirtyi valtion omistukseen.

Syksyllä 1935 päätettiin koulun luovuttamisesta Helsingin tyttölukiolle, johon lukio muutti seuraavana kesänä. Muuton aikana lukion rehtori oli Eino Salokas (1887–1957), joka toimi rehtorina aina vuoteen 1954 asti. 

Salokas oli myös historiantutkija ja kirjailija, ja hän on kirjoittanut teoksen Helsingin tyttölukio – kertomus lukuvuosista 1939–1945, jossa hän kuvaa sota-aikaa, jolloin koulurakennus vaurioitui Helsingin pommituksissa. Tyttölukion toiminta oli sotavuosina katkonaista, ja rakennus vaurioitui Helsingin pommituksissa etenkin talven 1944 aikana. 

Kirkkokatu 6:n koulurakennus siirtyi vuonna 1973 Helsingin yliopistolle, joka vuokrasi tilat luentosalikäyttöön. Vuonna 1975 Rakennushallitus teetti Pantterin korttelia, jossa myös Kirkkokatu 6 sijaitsee, koskevan käyttöselvityksen.

Tieteellisten seurain valtuuskunnan tilana oli ollut valtuuskunnan alkuaikoina Pöllölän talo Kasarmikadulla (nykyinen Arkkitehtuurimuseo). Kun Eduskuntatalo valmistui vuonna 1931, valtuuskunta sai käyttöönsä tiloja Säätytalolta.

Kesällä 1991 valtioneuvosto päätti, että Säätytaloa käytettäisiin jatkossa ensisijaisesti valtion edustustilaisuuksiin, eivätkä tieteelliset seurat voisi enää käyttää sitä entisessä laajuudessa. Korvaavaksi tilaksi seurat saisivat Kirkkokatu 6:n koulurakennuksen.

Vanha koulurakennus peruskorjattiin perusteellisesti seurojen tarpeisiin sopivaksi.

Vuodesta 1997 alkaen Tieteiden talo on toiminut vilkkaana tieteellisten seurojen ja tieteen asiantuntijoiden keskuksena. Se on tarjonnut puitteet monenlaisille tieteellisille tapahtumille, kuten seminaareille, konferensseille ja kokouksille, ja talo on ollut tärkeä kohtaamispaikka tutkijoille ja tieteen harrastajille.

Vuodesta 2022 alkaen Tieteiden talo on ollut tieteen asiantuntijoiden toimisto, kun Tieteellisten seurain valtuuskunnan, Tiedonjulkistamisen neuvottelukunnan ja Tutkimuseettisen neuvottelukunnan toimistot muuttivat talon kolmanteen ja neljänteen kerrokseen.